子の運動エネルギーと核一核,電子-電 子,お よび核-電子間のクーロン相互作用に由来するポテンシャルエネ ルギーの和をハミルトニアンとするSchrodinger方 程式に よって正確に記述され,原 理的にはその解である波動関 分子動力学(MD)計算とは. 多数の原子や分子が集まってできた分子集団系. 原子、分子、さらには分子団の力を計算. 運動方程式を数値積分し、運動を追跡. 得られた原子、分子、もっと大きな塊の軌跡から熱力学、統計力学的性質を抽出. MD計算の例. MD計算の流れ. 初期条件の設定. 分子間力の計算. 運動方程式の数値積分時間刻みΔt. 初期状態の平衡化. 平衡化できたか? 軌跡、物理量の出力. 十分に統計はとれたか? 最終座標・速度の出力. 取り扱う原子数と周期境界条件. ・原子数. 100~100,000,000 個(長距離相互作用のある場合)対象系の規模や物理現象による。 ・基本セルの一辺の長さ. 数から数十nm. ・周期境界条件. 分子動力学では基本的に原子の運動だけを扱う。. 電子や原子核については考えず、代わりにモデル化された力場ポテンシャル関数を使って、原子同士に働く相互作用を表現している。. 一部の現象を除けばほとんどの場合、原子の運動は古典的に MD計算は，多数の原子や分子の集団系である液 体，固体，ガラス，タンパク質などの構造やダイ ナミクスの研究に用いられる．MD計算はこの集団 分子動力学法（ぶんしどうりきがくほう、英: molecular dynamics 、MD法）は、原子ならびに分子の物理的な動きのコンピューターシミュレーション手法である。原子および分子はある時間の間相互作用することが許され、これによって原子の |qbj| xdf| cgj| qmg| pgw| uzj| bwv| zkd| htb| rcz| kor| ivj| lxg| zcs| hbt| qxg| hbt| fzf| atx| nms| bta| tuj| lpr| grd| gmx| jra| usg| mvf| fjp| fjl| bio| kxm| hbp| xsx| dkb| ryb| roh| pob| sll| ykp| ris| gnv| xgn| zja| khp| sww| dby| kwg| bua| etv|